Das Spiel verläuft über mehrere Runden. Jede Runde besteht aus zwei Phasen: Der Pilotenphase und der Kriecherphase. In der Pilotenphase darf jeder Spieler zwei Knöpfe ausprobieren.
Ob es sich dabei um einen Feuerknopf, einen Antriebsknopf oder gar einen Replikatorknopf handelt, seht ihr erst, wenn ihr gedrückt habt. Wenn es euch jungen Piloten gelingt, alle acht Störsender zu zerstören, gewinnt ihr das Spiel.In der Kriecherphase befehligen die Kriecher ihr Mutterschiff und bewegen sich in die Mitte auf den Planeten zu. Die Fähigkeiten des Mutterschiffs unterscheiden sich dabei von Spiel zu Spiel und werden zufällig ermittelt.So kann es auch zu einem Stromausfall kommen oder zu der Übertragung eines Computervirus - All das macht euch jungen Piloten das Leben schwer.Erreichen die Kriecher den Planeten, werden nach und nach die Schilde von ihm entfernt. Wurde das letzte Schild entfernt, wird der Planet vernichtet und das Spiel gilt als verloren. Star Clicker hält vier unterschiedliche Schwierigkeitsgrade bereit.
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